Příběhu rozumím následovně (ale možná je to jinak – níže uvedené jsem z části domyslel):

Pozor – následující text představuje spoiler.

Morgan žije na Zemi v bytě a za prací jezdí do střediska TranStar zabývajícího se výzkumem neuromódů neboli implantátů zlepšujících lidské schopnosti. Jednou se rozhodne otestovat neuromód na sobě. S implantovaným neuromódem pak nějakou dobu žije a ve středisku ho testují, jak se cítí, jestli mu neuromód opravdu pomohl zlepšit danou schopnost apod.

Po ukončení testování je Morganovi úspěšně implantován neuromód další. A po něm další a další.

Vše klape do doby, nežli je mu jeden z implantovaných neuromódů vyjmut. Zjistí se, že odstranění způsobuje nositeli ztrátu paměti na události od vpravení tohoto neuromódu po jeho vyjmutí. Morganovou poslední vzpomínkou se tak stává implantace vyjmutého neuromódu. Na testování si nepamatuje a může se o něm dozvědět pouze zprostředkovaně od někoho z testovacího týmu (případně může Morgan informovat sám sebe skrze audio / video nahrávky pořizované v průběhu testů).

Zatímco Morgan v pozemním středisku testuje neuromódy, na kosmické výzkumné stanici Talos, patřící TranStaru, dojde ke kontaktu s mimozemšťany zvanými Typhoni. Tito disponují pro lidi přínosnými schopnostmi a vědce na stanici napadne, že by z Typhonů držených v izolaci mohli vyvinout neuromódy s mimozemskou DNA a otestovat je na lidském dobrovolníkovi.

Volba padne na Morgana. Ten souhlasí, odletí na Talos, kde se setká se starším bratrem Alexem (taktéž výzkumníkem TranStaru) a spolu začnou vyvíjet a posléze i na Morganovi testovat alienní neuromódy.

Vše opět klape do doby, nežli je mu jeden z na Zemi implantovaných neuromódů vyjmut. Morganovou poslední vzpomínkou se tak stává okamžik „instalace“ tohoto neuromódu, tudíž si myslí, že je na Zemi. Aby ho testovací tým nestresoval (nebo je jiný důvod?), zakamuflují místnosti Talosu tak, ať si Morgan myslí, že je na pozemní stanici, ze které se vrací do bytu a zase zpátky na stanici k testům.

Poznámka: Proč na to šli tak složitě, když stačilo, aby se Morgan před cestou na Talos všech neuromódů zbavil a vyjímání následných neuromódů by ho o vzpomínky na svůj výzkumný pobyt na Talosu nemělo jak připravit? Toť otázka. Stejně tak nevím, když už ho nechali přicestovat s na Zemi implantovanými neuromódy, proč mu po jejich vyjmutí neřekli o tom, že je na kosmické stanici.

Tak jako tak, Morgan je jednoho dne při rutinním testu účinků neuromódů (stále přesvědčený o svém pobytu na Zemi) svědkem invaze neznámých tvorů. Morgan prchá a poznává, že se nachází na vesmírné stanici s mimozemšťany, které měli zdejší výzkumníci doposud pod kontrolou. Dostává se k audio / video záznamům, jenž pořídil v době, ze které si nic nepamatuje a zjišťuje, jak se věci mají.

Morgan seznává, že Typhoni jsou pro lidstvo hrozbou a rozhodne se je zničit i s celou stanicí. To se mu nejenže povede, ale zvládne také odletět s ostatními přeživšími na Zem buď raketoplánem (v tomto případě odletí Alex na Zem ve své únikové kapsli) nebo odletí v Alexově kapsli (Alex odletí s ostatními raketoplánem).

Poznámka: Mohl se s přeživšími dostat na Zemi Typhon? Asi ne. Kde by se ukryl? V raketoplánu při mém odletu nebyl (ani v zavazadlovém prostoru) a v Alexově kapsli také být nemohl, když Alex se na Zem dostal živ a zdráv.

Po příletu na Zem vyslechnou navrátilce vědci a dle svědectví vyvinou aplikaci virtuální reality simulující Talos od okamžiku Morganova procitnutí v místnosti zkamuflované coby jeho byt na Zemi do chvíle zkázy stanice. Mezitím se na Zemi začnou produkovat a využívat alienní neuromódy. Uplynou tedy léta, nežli dojde u jejich nositelů (včetně Morgana, pokud se jich včas nezbavil) k potlačení lidských vlastností na úkor alienních. Postižení se asi nemusí proměnit přímo v Typhony, minimálně se však jimi stanou do míry postačující k tomu, aby po Zemi rozšířili „zlatou“ Typhonní komunikační síť. Vědci zareagují odchycením proměněnce (možná přímo Morgana), připoutají ho do křesla, do těla mu vpraví lidské neuromódy (asi vyjmou ty alienní) a napojí ho na přístroj ovlivňující mozek, ať se mu zdá, že je v oné vědci vytvořené virtuální simulaci Talosu v Morganově kůži. Součásti virtuální reality jsou vedle Morgana i virtuální dění sledující aplikace v podobě přeživších členů osádky, které v realitě na Zemi běží v dronech a podávají Alexi (podílí se na tomto výzkumu) souhrnné informace, kterak si proměněnec v roli Morgana vede. Alexův tým doufá, že vpravení lidských neuromódů do proměněnců je změní zpátky v lidi, což se v simulaci i po ní pozná tak, že testovaný proměněnec se bude chovat jako člověk a ne Typhon.

Poznámka: Do výše popsaného zapadá i možnost, že Morgan stanici ušetří a přístrojem Nullwave Transmitter zničí pouze Typhony. Výzkum na Talosu by tak pokračoval a jednou by z něj na Zem zamířila zásilka alienních neuromódů…

Druhá poznámka: Pokračování hry Prey by se tedy mělo odehrávat na Zemi.